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La fondation des Musées Capitolins remonte à 1471, quand le pape Sixte IV donna au peuple romain un groupe de statues en bronze conservées jusque là au Latran et qui constituèrent le noyau initial de la collection. Les pontifes accrurent successivement les fonds avec des oeuvres provenant des fouilles de Rome, du Vatican ou achetées exprès pour le musée telle que la collection Albani. Vers la moitié du XVIIIe siècle, Benoît XIV fonda la Pinacothèque. Les collections archéologiques s'enrichirent notablement à la fin du XIXe siècle grâce aux découvertes des fouilles entreprises à l'occasion de la construction de quartiers entiers de la ville, devenue la capitale de l'Italie unifiée.
Les collections des Musées Capitolins sont exposées dans deux édifices, qui, avec le Palais Sénatorial (Palazzo Senatorio) délimitent la place du Capitole: le Palais des Conservateurs (Palazzo dei Conservatori) et le Palais Neuf (Palazzo Nuovo), reliés entre eux par une galerie souterraine qui abrite la Galerie Lapidaire et conduit à l'antique Tabularium dont les arcades monumentales dominent le Forum Romain.
Dans le Palais Neuf, dans une présentation muséale d'un grand effet restée sensiblement la même depuis le XVIIIe siècle, sont conservées les collections de sculpture antique fruit du collectionnisme des grandes familles nobles des siècles passés: la série des bustes de philosophes et d'empereurs romains, la statue du Gaulois mourant, la Vénus Capitoline et l'imposante statue de Marforio qui domine la cour, sont particulièrement célèbres.
Dans les salles correspondant aux appartements d'apparat, le Palais des Conservateurs révèle le coeur originel architectural de l'édifice orné de splendides fresques illustrant l'histoire de Rome et ennobli par la présence des antiques bronzes capitolins: la Louve du Capitole, le Tireur d'épine, le Brutus Capitolin.
Le grand hall vitré, récemment réalisé au premier étage du Palais, abrite pour sa part la statue équestre en bronze de Marc-Aurèle, auparavant placée sur la place du Capitole, et les imposants vestiges du temple de Jupiter Capitolin. Au même étage, une autre section est quant à elle dédiée à l'histoire la plus ancienne du Capitole, des premiers habitats humains à la construction de l'édifice sacré. Elle présente également les résultats des fouilles récentes. Les salles qui donnent sur le hall abritent les oeuvres provenant des Horti de l'Esquilin, tandis que celles reliées à l'Appartement des Conservateurs accueillent la collection Castellani, témoignage du collectionnisme du XIXe siècle.
Au second étage, la Pinacothèque Capitoline présente, dans un parcours organisé chronologiquement du bas Moyen Âge au XVIIIe siècle, des oeuvres de grande importance, comme les peintures du Caravage (La Diseuse de bonne aventure et un Saint Jean-Baptiste), la grande toile du Guerchin (Les Funérailles de sainte Pétronille) et un important groupe de tableaux de Guido Reni et de Pierre de Cortone.
Enfin, dans le Palais Caffarelli-Clementino sont situés le Médailler Capitolin, avec ses précieuses collections de monnaies, médailles, gemmes et bijoux, ainsi qu'un espace consacré aux expositions temporaires.